清潔区域では、空中浮遊物(菌が付着)の製品への落下・混入を防ぐため、そのエリアの給気口に特殊なフィルターを付け、エリア内の空気の清浄度を高めています。清潔区域には「クラス10万エリア」と「クラス100エリア」の2種類があります。「クラス100エリア」では更に、人の入室も制限し、気流(空気の流れ)も一方通行にコントロールすることで極めて高い清浄度を保っています。
「クラス100」の清浄度とは「一辺30cmの立方体の中に、直径0.5μmの浮遊物が100個以下である状態」です。ちなみに、東京山手線内の空間に例えると、その中にあめ玉が100個以下しか存在しないのとほぼ同じ状態です。